Очень часто необходимо иметь кроме готового изображения со сведенными слоями, рабочий вариант, в которым будут сохранены все слои, прозрачности и каналы, например, для того, чтобы в случае необходимости продолжить работу с данным изображением. Существует несколько вариантов сохранения документа, с содержанием в нем слоев:

• в файл формата XCF - это собственный формат программы GIMP в котором доступны для редактирования слои изображения; 
• в файл PSD(PhotoShop Document) - позволяет экспортировать изображение в формат Adobe Photoshop. Удобно использовать в тех случаях, когда может быть необходимо работать с этим документов в среде программы Adobe Photoshop. 

Команда Файл\Сохранить позволяет сохранить в собственном формате программы GIMP.

Команда Файл\Экспортировать позволяет сохранить изображение в формате GIF, JPG, PNG и пр.

При выполнении заданий результат сохраняется в двух форматах *.XCF и  *.JPG (либо *.GIF).